1990年10月
「経済審議会(経済企画庁)」臨時委員に就任→91年12月まで。
日本酒が似合う人に贈られる「日本酒大賞」に選ばれる。
「年間最優秀プロデューサー賞を選ぶ会」より”1990年度最優秀プロデューサー賞”を受賞。
1993年
財団法人・水と緑の惑星保全機構の評議員に就任。
なお同年12月から’96年3月まで「児童生徒の読書に関する調査研究協力者委員会議(文部省)」の協力者も務めた。
1994年1月1日
ストーリー漫画化親睦の会「マンガジャパン」発足と同時に代表世話人に就任。
1995年
「上田市マルチメディア情報センター」オープンと同時に、名誉館長に就任。
1996年9月
「東アジアMANGAサミット’96」議長を務める。
みやぎ夢大使に就任。
1997年3月16日
石ノ森章太郎45周年に向けての総合イベントである”石ノ森萬画館”が故郷・中田町を皮切りにスタート。3年間をかけて、日本全国を巡回。岐阜県「世界イベント村ぎふ」の初代名誉村長に就任。
「’97アジア漫画韓国大会」においてアカデミー大賞を受賞。
1998年1月28日
東京・お茶の水順天堂病院で逝去。
享年60歳。生涯の全作品に対し、勲四等旭日小緩章、日本漫画家協会賞、文部大臣賞を授与。
マンガとマンガ界への長年の貢献に対して、手塚治虫文化賞・特別賞を授与。
1999年
アジア、さらには世界の漫画界に与えた影響、そして偉業に対し、アジアマンガサミット台湾’99漫畫精神奨を授与する。
「燃えろ!!ロボコン」であのロボコンが25年ぶりに復活。